Delantero en Toluca a principios de los años 90's que al no ser convocado para la Selección Argentina de fútbol, Pizzi optó por nacionalizarse español y jugar para ese país. Su debut en la selección española fue el 30 de noviembre de 1994 frente a Finlandia donde su equipo venció por 2 a 0. El 20 de septiembre de 1995 en la ciudad de Madrid jugó un partido amistoso contra su país de origen, Argentina, y marcó uno de los tantos de su selección en la victoria de los europeos por 2-1. Es el único jugador nacido en Argentina que le marca un gol a la selección de su país. Fue seleccionado como uno de los jugadores para ir al Mundial de Francia 1998 y jugó un encuentro ante Paraguay en el Stade G. Guichard. Pizzi se fue reemplazado a los 53 minutos por Fernando Morientes; el encuentro finalizó 0-0.
Participó en un total de 22 encuentros internacionales para España y convirtió 8 goles. Su despedida fue el partido mencionado anteriormente contra Paraguay en el Mundial.
Juan Antonio Pizzi máximo anotador rojo en la campaña 90-91 con 12 goles.
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